Des dissensions apparaissent en 2014 au sein de la fédération FN de Gironde, mais les contestataires sont écartés[5],[6]. En 2016, il cède la présidence de la fédération de Gironde à Edwige Diaz[7].
Il est élu conseiller régional d'Aquitaine en 1986. Le , Jean Tavernier est élu à la présidence du conseil régional d'Aquitaine[16] en remplacement de Jacques Chaban-Delmas, démissionnaire. Jacques Colombier devient alors vice-président délégué à l'urbanisme, à la santé et aux sports[17]. Mais le Conseil d'État invalide l'élection de Jean Tavernier et de Jacques Colombier le , estimant que la règle du secret du vote a été enfreinte, et que, compte tenu de la courte majorité obtenue par les deux hommes, cette « absence de secret a pu avoir des conséquences sur le résultat du scrutin »[18]. Le , l'élection partielle voit la réélection des sortants[19],[20]. Le , les quatre élus FN se retirent de la majorité régionale et Jacques Colombier démissionne de son poste de vice-président[21],[22].
Jacques Colombier est conseiller municipal de Bordeaux de 1989 à 2008 et de 2014 à 2018. François Jay lui succède pour terminer le mandat municipal en cours (2014-2020)[23].
Lors des élections régionales de 2015, il est élu conseiller régional en Aquitaine-Limousin-Poitou-Charentes, qui devient l'année suivante la région Nouvelle-Aquitaine. Il est réélu en 2021[24].
Député européen
Le , à la suite de la mort d'Édouard Ferrand, Jacques Colombier devient député européen[25],[26]. Touché dès lors par le cumul des mandats, il quitte le conseil municipal de Bordeaux pour se mettre en conformité avec la loi. Il ne se présente pas aux élections européennes de 2019 et quitte le Parlement européen le .
Depuis juillet 2021, le Parquet européen dirige, sur Jacques Colombier et Edwige Diaz, une enquête préliminaire pour « détournement de fonds publics, complicité et recel » après un signalement d'Anticor. À l'époque Edwige Diaz était l’assistante parlementaire de Jacques Colombier, lui-même député européen de 2018 à 2019[27],[28].
Le 11 octobre 2023, le parquet européen, après une enquête exhaustive visant Edwige Diaz, conclut à l'absence de preuves pertinentes du délit de détournement de fonds publics et classe l'affaire sans suite[29],[30].
