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Formé au Deportivo La Corogne pendant six saisons, Juan Ignacio Otero joue son premier match en tant que gardien de but le , contre le FC Barcelone. Il remporte en 1954 le trophée Zamora, avec 35 buts encaissés en 25 matchs.
Il quitte en 1958 le Deportivo pour le Betis Séville, pendant quatre saisons, sans rien remporter. Il est transféré au Grenade CF, pour quatre saisons, terminant vice-champion de D2 espagnole en 1966, année où il prend sa retraite.
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