Staphylococcus (les staphylocoques) est un genre de bactériescoques à Gram positif et catalase positive, et coagulase positive pour Staphylococcus aureus, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus pseudintermedius, Staphylococcus delphini et certains Staphylococcus schleiferi, négative pour les autres.
Une vingtaine d'espèces de staphylocoques sont actuellement identifiées, dont l'espèce principale, Staphylococcus aureus, est responsable de nombreuses infections humaines et animales.
Écologie et habitat
Ubiquitaires, les staphylocoques sont présents sur de nombreux sites. Ils sont capables de vivre :
Le corps humain est le réservoir de plusieurs espèces de staphylocoques :
Staphylococcus aureus (ou staphylocoque doré) est retrouvé chez 15 à 30 % des individus sains (50 % si l'on compte les porteurs occasionnels) au niveau des fosses nasales et de la gorge. Il est également présent en plus faibles quantités dans le tube digestif et au niveau du périnée. À partir du rhinopharynx, la bactérie est disséminée sur la peau (mains et visage) par aérosols et est souvent présente sur les vêtements et dans les squames (qui font partie de la poussière de tout local habité). Comme les staphylocoques résistent bien à la dessiccation, la transmission peut être non seulement directe (surtout mains du personnel soignant dans les hôpitaux), mais aussi indirecte par les objets et poussières ;
Staphylococcus epidermidis (ou Staphylococcus albus = staphylocoque blanc) est présent sur la peau (en beaucoup plus grande quantité que Staphylococcus aureus). Le Staphylococcus epidermidis est un commensal de la peau chez pratiquement 100 % des humains ; ses propriétés lipolytiques lui permettent de prospérer dans le sébum. Il est normalement inoffensif, mais il provoque d'authentiques infections comme des infections dermatologiques et des infections nasales comme des sinusites ou encore des infections urinaires chez la femme et plus rarement chez l'homme. Il se rencontre parfois dans des septicémies chez des individus débilités (surtout porteurs de prothèses cardiaques : comme pour tous les germes, la présence d'un corps étranger en facilite l'implantation) ;
Staphylococcus lugdunensis(en) (ou staphylocoque de Lyon[1]) dans les cavités nasales et qui produit la lugdunine, antibiotique naturel qui serait efficace contre des bactéries multirésistantes.
Les animaux hébergent des espèces de staphylocoques qui ne sont pas tout le temps retrouvées chez l'Homme :
La plupart des autres espèces de staphylocoques ne sont pas pathogènes.
Cependant certaines espèces commensales sont dites pathogènes opportunistes, elles peuvent entraîner des infections dans des conditions particulières :
Du point de vue épidémiologie, le caractère ubiquitaire des staphylocoques, leur relativement bonne résistance aux mécanismes d'épuration naturels (oxydation, dessiccation), leur grande capacité à donner des mutants résistants aux antibiotiques, expliquent le maintien — voire l'augmentation — de la fréquence des infections staphylococciques. Ceci est particulièrement net en milieu hospitalier, où ces germes trouvent en outre un rassemblement de patients leur assurant un excellent terrain de développement. Ils partagent avec les bacilles pyocyaniques le premier rôle dans les infections nosocomiales.
Propriétés bactériologiques
Morphologie
Les staphylocoques sont des coquesgram positifs arrondis, en amas réguliers ou par deux, de 0,7 à 1 µm de diamètre (les S. blancs sont souvent un peu plus volumineux que les S. dorés), immobiles, dépourvus de spores, présentent une capsule. Ils apparaissent le plus souvent en amas dits en grappes de raisin. Les amas sont particulièrement nets dans des préparations faites à partir de cultures sur milieux solides. Dans des cultures liquides et produits pathologiques, les amas sont beaucoup plus petits (3 à 4 éléments, ou même formes isolées ou en paires, d'où le nom de diplocoques).
Culture
Les staphylocoques poussent aisément sur les milieux usuels, donnant un trouble uniforme en milieux liquides et, sur gélose, des colonies rondes, lisses, blanches (S. blancs ou S. albus) ou dorées (S. dorés ou S. aureus), opaques, atteignant 2 à 3 mm de diamètre (ou un enduit confluent si l'ensemencement est massif). Ils sont catalase positifs et oxydase négatifs, aérobies ou anaérobies facultatifs, fermentant le glucose sans gaz. Outre la couleur des colonies, qui n'est souvent pas assez tranchée, les staphylocoques potentiellement pathogènes se distinguent des commensaux par les caractères suivants :
Tolérance au NaCl (7,5 %) : S. aureus ++ S. albus -
Noircissement du tellurite : S. aureus + S. albus -
Certaines de ces propriétés sont mises à profit dans les préparations de milieux sélectifs permettant l'isolement à partir de produits polycontaminés. Le milieu de Chapman, par exemple, inhibe le développement de nombreux contaminants par sa teneur en NaCl (7,5 %) et permet de reconnaître les colonies de staphylocoques dorés par la fermentation du mannitol. Le milieu de Baird et Parker contient notamment du tellurite (la réduction de ce sel par le S. doré donne aux colonies une coloration noire).
Les cultures se développent dès 24 heures et résistent au vieillissement et à la diminution de l'activité de l'eau (ou activity of water aw) pendant plusieurs mois.
Aspect en bouillon : trouble homogène le long du tube
Aspect sur gélose ordinaire : en aérobiose, colonies assez grandes d'environ 1 mm de diamètre, rondes, régulières, bombées, lisses et brillantes : de type Smooth. Elles sont aussi crème ou pigmentées en jaune (suspicions de Staphylococcus aureus si jaune-or)
Remarque : l'aspect des colonies peut varier et devenir de type Rough si les colonies sont trop anciennes : colonies mates, peu bombées, légèrement irrégulières et d'aspect sèches.
Aspect sur gélose Baird Parker : en aérobiose, colonies noires de 1 mm environ, (avec une zone claire de 2 mm de diamètre et un précipité dans la zone claire pour les staphylococcus aureus)
Milieu sélectif de Chapman : mélange contenant du NaCl, du mannitol et du rouge de phénol (pour staphylococus aureus)
Caractéristiques biochimiques
L'activité métabolique des staphylocoques est relativement bien marquée. Ils possèdent de nombreuses enzymes capables de catalyser de nombreux substrats. Ces enzymes varient d'une espèce à une autre.
Cependant, tous les staphylocoques ont les caractéristiques suivantes :
présence d'une catalase qui décompose l'eau oxygénée, contrairement aux streptocoques qui ne possèdent pas de catalase ;
recherche de la staphylocoagulase ou coagulase libre (mise en culture dans du plasma de lapin) ;
recherche de la coagulase liée (soit par un test d'agglutination sur lame direct, c'est la reconnaissance entre un récepteur spécifique à une molécule, le fibrinogène) ;
recherche de la thermonucléase (le bouillon est chauffé au bain-marie à 70 °C pendant 5 minutes puis on ensemence à l'aide d'une strie unique un milieu à base d'ADN et de bleu de toluidine).
Enzymes et toxines
Coagulase
C'est généralement la principale (souvent la seule) substance recherchée pour établir la nature « aureus » d'un staphylocoque. Il existe, en réalité, deux coagulases généralement associées : la coagulase liée ou clumping factor qui provoque la formation de grumeaux lorsqu'on émulsionne une culture de staphylocoques dans une goutte de plasma sanguin sur lame et la coagulase sécrétée qui provoque l'apparition d'un caillot lorsqu'on cultive le staphylocoque dans un milieu additionné de plasma (dilué à 1/4).
Ces coagulases semblent bien jouer un rôle dans la pathogénie des infections in vivo : elles permettent en effet au staphylocoque qui ne possède normalement pas de capsule, de s'en procurer une en coagulant autour de lui le plasma ou les humeurs intercellulaires.
Hémolysines et leucocidine
La plus importante est l'hémolysine alpha qui lyse, in vitro, les hématies de lapin. Elle est caractéristique des S. dorés d'origine humaine.
In vivo, elle détruit les membranes cellulaires, provoquant des nécroses (nécrotoxine) et peut même être létale (danger des solutions injectables contaminées par des staphylocoques !).
Les hémolysines bêta (agissant sur les hématies de mouton) et gamma (agissant sur les hématies humaines) sont inconstantes et se trouvent parfois aussi chez le S. albus.
Sécrétée par certaines souches, l'entérotoxine joue un rôle dans deux maladies intestinales d'origine staphylococcique. D'abord une intoxication alimentaire due à l'accumulation de cette entérotoxine par le développement d'une souche productrice dans un aliment fait à l'avance, ayant séjourné un certain temps à une température supérieure à 10 °C. Les aliments le plus souvent en cause sont les desserts à base de laitages et crèmes pâtissières, ainsi que diverses sauces : mayonnaise, etc. (Le staphylocoque tolère aussi bien d'assez fortes concentrations de sucre que de NaCl).
Cette entérotoxine est thermostable, elle peut donc rester active dans un aliment réchauffé dont les staphylocoques ont été tués. Elle provoque après une incubation brève : 3 à 6 heures, un état nauséeux, avec vomissements éventuels et diarrhées violentes. Ces troubles, souvent intenses et angoissants, disparaissent sans trace après quelques heures. C'est la plus fréquente et la plus bénigne des intoxications alimentaires d'origine bactérienne.
En revanche, l'entérite fulminante à staphylocoques présente une extrême gravité et un risque important de mortalité. Il s'agit cette fois du développement des staphylocoques producteurs d'entérotoxine dans l'intestin même. Normalement, les staphylocoques de passage dans l'intestin ne peuvent s'y implanter ni s'y multiplier, étant inhibés par la flore commensale normale. Mais si celle-ci est éliminée par des antibiotiques auxquels le staphylocoque résiste, cette implantation devient possible : c'est donc une complication de l'antibiothérapie, survenant principalement en milieu hospitalier, surtout chez des opérés du système digestif dont on a tenté de stériliser le contenu intestinal en vue de l'opération. Il importe dans ces cas d'obtenir un diagnostic rapide et de trouver un produit auquel la souche est encore sensible (par ex. staphylomycine, oxacilline).
La mise en évidence de cette entérotoxine est malaisée. Les anticorps pour mise en évidence immunologique ne sont guère disponibles (il y a d'ailleurs plusieurs types antigéniques). En dehors de l'être humain, seuls certains singes et le petit chat de 2 à 8 semaines sont sensibles.
Antigènes
La paroi des staphylocoques contient 2 antigènes principaux :
Une protéine A vis-à-vis de laquelle tout le monde a des anticorps ;
Il existe de nombreuses variétés antigéniques mais le typage des staphylocoques par l'étude de ces variétés (sérotypie) n'est guère entré dans la pratique.
En revanche, la lysotypie peut rendre de grands services en épidémiologie. Cette méthode permet aussi de déterminer si plusieurs cas dans un service sont dus à une même souche et de rechercher quels membres du personnel soignant sont porteurs de cette souche.
Méthodes de diagnostic
Examen microscopique
Cet examen donne une première orientation et permet de déterminer si la flore est abondante ou non, pure ou mixte.
Culture
La culture permet de déterminer si c'est un S. aureus ou albus (test de coagulase). L'antibiogramme est généralement nécessaire vu les sensibilités très variables. Addition de pénicillinase au milieu si le produit provient d'un malade en traitement.
Sérologie
La sérologie est peu utilisée. Outre les antigènes de paroi cités plus haut, les diverses toxines pourraient faire l'objet de réactions Ag.-Ac. Mais on ne constate guère de variations notables entre les taux d'Ac. des individus sains, malades ou convalescents. On recherche parfois le taux des antistaphylolysines en fonction du diagnostic d'ostéomyélite.
Prophylaxie, immunité et traitement
Prophylaxie
En général
Mesures d'hygiène générale
Nettoyage et désinfection des plaies
Lutte chez les malades et leur entourage contre les germes portés dans le nez (pommades à base de néomycine, bacitracine, chlorhexidine, etc.)
Pour l'entérotoxine : attention particulière aux infections superficielles chez les cuisiniers ; réfrigération des aliments faits à l'avance
En milieu hospitalier
Renforcement des mêmes mesures (asepsie, lutte contre les poussières, lampes à UV dans certains locaux, ventilation, etc.)
S'il y a des cas d'infection dans un service, on procèdera à la détection des porteurs de souches dangereuses (lysotypes 80 - 81 du groupe III), polyrésistantes et leur élimination jusqu'à ce qu'ils en soient débarrassés.
Ensemencement éventuel avec une souche peu virulente qui, par interférence, entraverait la colonisation par les souches dangereuses.
Politique d'emploi des antibiotiques tenant compte que, dès qu'un antibiotique est largement utilisé dans une communauté, des souches résistantes apparaissent. On devrait donc n'employer que deux ou trois produits dans tout l'hôpital et en changer tous les quatre à six mois. De toute façon, il faut maintenir en réserve deux ou trois produits sûrs à n'employer que dans les cas graves et urgents.
Isolement des malades contagieux et de ceux dont la sensibilité est accrue (immunosuppression, diabète, brûlés graves).
Surveillance de ces mesures et de la fréquence des contaminations par un « épidémiologiste d'hôpital ».
Immunité
Le rôle des anticorps est discuté : si d'une part, on ne constate guère de concordance entre leur taux et la résistance aux infections staphylococciques, celles-ci sont, d'autre part, beaucoup plus fréquentes chez les patients atteints de hypo-gammaglobulinémie. Il est vraisemblable que la résistance résulte de l'interaction de mécanismes sériques et cellulaires.
L'efficacité de la vaccinothérapie est également discutée : on constate souvent l'irruption d'une succession de furoncles par l'application de cette vaccination (de préférence avec un autovaccin, vu la multiplicité des souches)[réf. nécessaire].
Traitement
Antibiotiques
Pénicillines :
Pénicilline G : environ 50 % des souches « sauvages » sont encore sensibles mais les souches d'hôpital sont régulièrement résistantes.
Pénicillines résistantes à la pénicillinase (méthicilline, oxacilline, etc.) et céphalosporines: les souches « sauvages » sont généralement sensibles, les souches d'hôpital présentent des fréquences de résistance variables en fonction de la fréquence de leur emploi.
Macrolides, tétracyclines : les souches « sauvages » sont généralement sensibles, mais les souches d'hôpital sont généralement résistantes.
Traitement à base de virus bactériophagiques attaquant les bactéries. En France leur utilisation est soumise au processus administratif des traitements compassionnels (anciennement ATUn)[2].
En Russie, en Ukraine et en Géorgie, le traitement des staphylocoques par phagothérapie est commun. Le médicament existe sous forme liquide ou en pulvérisateur. Il existe des cocktails bactériophagiques contenant exclusivement des bactériophages spécifiques aux staphylocoques, et des cocktails contenant plus largement des phages spécifiques à un type de pathologie[3],[4].
Des recherches sont en cours ailleurs dans les pays occidentaux et en Chine pour développer des bactériophagiques efficaces contre les staphylocoques, principalement les staphylocoques dorés[5],[6].
En France la phagothérapie ne peut être utilisée que dans les cas les plus graves, avec des phages produits en France et dans le cadre dit compassionnel défini par l'ANSM. Les Hospices Civils de Lyon les utilisent dans les cas les plus difficiles d'infections ostéo-articulaires par staphylocoque[7],[8]. Des associations de patients se sont montées pour faciliter l'accès aux bactériophagiques étrangers[9],[10],[11],[12].
Taxonomie
Étymologie
L'étymologie du genre Staphylococcus est la suivante : Sta.phy.lo.coc.cus Gr. fem. n. staphylê, grappe de raisins; N.L. masc. n. coccus, coco; de Gr. masc. n. kokkos, grain, semence; N.L. masc. n. Staphylococcus, une sorte de grappe de grains[13].
Espèces du genre Staphylococcus
Selon la base de données LPSN[13], en décembre 2022, le genre Staphylococcus compte 63 espèces officiellement reconnues :
Staphylococcus ureilyticus corrig. (Kloos & Wolfshohl 1991) Madhaiyan et al. 2020 : reclassement de S. cohnii subsp. ureilyticus et renommage de Staphylococcus urealyticus
Peptoniphilus asaccharolyticus (Distaso 1912) Ezaki et al. 2001 : reclassement de l'espèce Staphylococcus asaccharolyticus publiée de manière non valide.
Rhodococcus rhodochrous (Zopf 1891) Tsukamura 1974 : reclassement de l'espèce Staphylococcus rhodochrous publiée de manière non valide.
Streptococcus pneumoniae (Klein 1884) Chester 1901 : reclassement de l'espèce Staphylococcus pneumoniae (Klein 1884) Cole et Pung 1977 publiée de manière non valide.
Veillonella parvula (Veillon and Zuber 1898) Prévot 1933 : reclassement de l'espèce Staphylococcus parvulus
Espèce non valides
Des espèces ont été publiées de manière non valide et ne sont donc pas reconnues par l'ICSP.
Staphylococcus albus Rosenbach 1884
Staphylococcus faecalis Aguwa et Lawal 1988
Staphylococcus leei Jin et al. 2004
Staphylococcus pseudolugdunensis Tang et al. 2008
Staphylococcus shinii Cho et al. 2022
Staphylococcus staphylolyticus Iversen et Grov 1973
Staphylococcus ursi Perreten et al. 2020
Staphylococcus vitulus renommée en Staphylococcus vitulinus
Notes et références
↑Espèce décrite et isolée à Lyon en 1988. cf. F. Lecuire, D. Gontier, J. Carrere, M. Basso, I. Benareau, J. Rubini, « Infections à Staphylocoque lugdunensis sur prothèses articulaires: À propos de 7 cas », Revue de chirurgie orthopédique et réparatrice de l'appareil moteur, vol. 93, no 1, , p. 88
↑Gilles Bourdin, Armando Navarro, Shafiqul A Sarker et Anne-C Pittet, « Coverage of diarrhoea-associated Escherichia coli isolates from different origins with two types of phage cocktails », Microbial Biotechnology, vol. 7, no 2, , p. 165–176 (ISSN1751-7915, PMID24528873, PMCIDPMC3937720, DOI10.1111/1751-7915.12113, lire en ligne, consulté le ).
↑(en) Camille Kolenda, Jérôme Josse, Mathieu Medina et Cindy Fevre, « Evaluation of the Activity of a Combination of Three Bacteriophages Alone or in Association with Antibiotics on Staphylococcus aureus Embedded in Biofilm or Internalized in Osteoblasts », Antimicrobial Agents and Chemotherapy, vol. 64, no 3, (ISSN0066-4804 et 1098-6596, PMID31871084, PMCIDPMC7038305, DOI10.1128/AAC.02231-19, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Kaixin Liu, Chao Wang, Xudong Zhou et Xudong Guo, « Bacteriophage therapy for drug-resistant Staphylococcus aureus infections », Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, vol. 14, (ISSN2235-2988, DOI10.3389/fcimb.2024.1336821, lire en ligne, consulté le )
↑ a et b(en) « Genus Staphylococcus », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomencature (consulté le )
Bibliographie
Dr Chantal Ruf, Variation de l’activité bactéricide en fonction du pH et de l’anaérobiose : Application à la Gentamicine et à la Sosomicne sur Staphylococcus Aureus, Paris V - Descartes, thèse de médecine, 1976, 37pp.
