Come nella stagione precedente le squadre partecipanti furono 18 e disputarono un girone di andata e ritorno per un totale di 34 partite.
Le ultime tre classificate furono retrocesse in Beta Ethniki.
Il punteggio prevedeva tre punti per la vittoria, uno per il pareggio e nessuno per la sconfitta.
Le squadre ammesse alle coppe europee furono sei: i campioni e la seconda classificata alla UEFA Champions League 1999-2000 mentre la vincitrice della coppa nazionale con la seconda, terza e quarta alla Coppa UEFA 1999-2000.