Apache cTAKES

Apache cTAKES
개발자아파치 소프트웨어 재단
안정화 버전
6.0.0 / 2024년 9월 16일(23개월 전)(2024-09-16)
저장소cTakes 저장소
프로그래밍 언어자바, 스칼라, 파이썬
운영 체제크로스 플랫폼
종류자연어 처리, 생물정보학, 텍스트 마이닝, 정보 추출
라이선스아파치 라이선스 2.0
웹사이트Apache cTAKES 위키데이터에서 편집하기 - 공식 웹사이트

Apache cTAKES: clinical Text Analysis and Knowledge Extraction System은 전자의무기록의 비정형 텍스트로부터 임상 정보를 추출하는 오픈 소스 자연어 처리(NLP) 시스템이다. 임상 노트를 처리하여 약물, 질병/질환, 징후/증상, 해부학적 부위 및 절차와 같은 임상 명명 엔티티 유형을 식별한다. 각 명명 엔티티는 텍스트 범위, 온톨로지 매핑 코드, 문맥(가족력, 현재 상태, 환자와 무관함) 및 부정/긍정 여부에 대한 속성을 갖는다.[1]

cTAKES는 UIMA 비정형 정보 관리 아키텍처 프레임워크와 OpenNLP 자연어 처리 툴킷을 사용하여 구축되었다.[2][3]

구성 요소

cTAKES의 구성 요소는 임상 도메인에 특화되어 훈련되었으며, 임상 의사 결정 지원 시스템과 임상 연구에서 활용할 수 있는 풍부한 언어 및 의미론적 주석을 생성한다.[4]

이러한 구성 요소는 다음과 같다:

  • 명명된 섹션 식별자
  • 문장 경계 탐지기
  • 규칙 기반 토크나이저
  • 서식 있는 목록 식별자
  • 정규화 도구
  • 문맥 의존 토크나이저
  • 품사 태거
  • 구문 청커
  • 사전 조회 주석 도구
  • 문맥 주석 도구
  • 부정 탐지기
  • 불확실성 탐지기
  • 피험자 탐지기
  • 의존성 파서
  • 환자 흡연 상태 식별자
  • 약물 언급 주석 도구

역사

cTAKES의 개발은 2006년 메이오 클리닉에서 시작되었다. 게르가나 사보바 박사와 크리스토퍼 추트 박사가 이끄는 개발팀에는 의사, 컴퓨터 과학자, 소프트웨어 엔지니어가 포함되었다. 배포 후 cTAKES는 메이오 클리닉의 임상 데이터 관리 인프라의 필수적인 부분이 되어 8천만 건 이상의 임상 노트를 처리했다.[5]

2010년 초 사보바 박사가 보스턴 아동병원으로 자리를 옮기면서 핵심 개발팀은 그곳의 구성원들을 포함하며 성장했다. 외부 협력 기관은 다음과 같다:[5]

이러한 협력을 통해 cTAKES의 기능은 시간적 추론, 임상 질의 응답, 임상 도메인을 위한 공지시어 분석(coreference resolution)과 같은 다른 영역으로 확장되었다.[5]

2010년, cTAKES는 i2b2 프로그램에 채택되었으며 SHARP Area 4의 핵심 구성 요소가 되었다.[5]

2013년, cTAKES는 아파치 소프트웨어 재단의 인큐베이터 프로젝트로서 첫 번째 릴리스인 cTAKES 3.0을 발표했다.

2013년 3월, cTAKES는 아파치 소프트웨어 재단의 최상위 프로젝트(TLP)가 되었다.[5]

같이 보기

각주

  1. ↑ Denecke, Kerstin (2015년 8월 31일). 〈Tools and Resources for Information Extraction〉. 《Health Web Science: Social Media Data for Healthcare》. Springer. 67쪽. ISBN 978-3-319-20582-3 – Google Books 경유. 
  2. ↑ Khalifa, Abdulrahman; Meystre, Stéphane (2015년 12월 1일). “Adapting existing natural language processing resources for cardiovascular risk factors identification in clinical notes”. 《Journal of Biomedical Informatics》. Proceedings of the 2014 i2b2/UTHealth Shared-Tasks and Workshop on Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data 58 (Supplement): S128–S132. doi:10.1016/j.jbi.2015.08.002. PMC 4983192. PMID 26318122. 
  3. ↑ Khudairi, Sally (2017년 4월 25일). “The Apache Software Foundation Announces Apache® cTAKES™ v4.0” (보도자료). Forest Hill, MD: The Apache Software Foundation. Globe Newswire. 2017년 9월 20일에 확인함. 
  4. ↑ Savova, Guergana K; Masanz, James J; Ogren, Philip V; Zheng, Jiaping; Sohn, Sunghwan; Kipper-Schuler, Karin C; Chute, Christopher G (2010). “Mayo clinical Text Analysis and Knowledge Extraction System (cTAKES): architecture, component evaluation and applications”. 《Journal of the American Medical Informatics Association》 17 (5): 507–513. doi:10.1136/jamia.2009.001560. ISSN 1067-5027. PMC 2995668. PMID 20819853. 
  5. ↑ 가 나 다 라 마 “History”. 《Apache cTAKES™ - clinical Text Analysis Knowledge Extraction System》. 2015년 6월 22일. 2018년 1월 11일에 확인함. 

외부 링크

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