У 1976 році на посаду командувача бази було призначено контр-адмірала Юрія Вікторовича Крилова. За його безпосередньої участі були сплановані і виконані проекти будівлі штабу, тилу Кримської бази, вулиць, проспекту і приморського парку в Новоозерному. Також у цей час у складі бази служив контр-адмірал Федір Іванович Кантур на посаді начальника політичного відділу. На честь Кантура в селищі була названа одна з вулиць. В 1979 році командиром бази був призначений Ігор Георгійович Махонін, який пізніше став контр-адміралом.
У 1983 році базу очолив Ігор Васильович Кудряшов, який до цього працював на посаді начальника штабу, а пізніше дослужився до звання віце-адмірала. Потім, в 1987 році гарнізон очолив капітан 1-го рангу Олексій Іванович Фролов. У 1992 році командиром бази став Олександр Сергійович Цубін. В кінці 1980-х і початку 1990-х штаб бази очолював Борис Борисович Кожин, який потім став командувачем ВМС України і депутатом Верховної Ради України[5].
У ніч на 8 квітня 1992 року, після складання офіцерами бази присяги на вірність народу України в селище Новоозерне ввели бойову техніку 361-го полку 126-ї дивізії берегової оборони Чорноморського флоту СРСР: 4 БТР і 2 мотострілецьких взводи з Євпаторії[6]. Вихід із затоки Донузлав блокували два ракетних катери і два корвети, оскільки особовий склад кораблів, заблокованих у бухті, склав українську присягу. Наказ штабу флоту був — узяти під охорону бронетехніку і будівлю місцевої ради Євпаторії, проте командир 361-го полку не виконав його[6].
21 липня 1992 року сторожовий корабель СКР-112 підняв український прапор і пішов з Донузлава до Одеси[6]. Протягом 8 годин походу СКР-112 переслідували кораблі російського Чорноморського флоту, які застосовували попереджувальний артилерійський вогонь і здійснювали спроби висадити на сторожовий корабель групу захоплення. Україна направила на підтримку корабля винищувач і прикордонні катери. У зв'язку із загрозою моряки РФ не стали виконувати наказ штабу зупинити корабель[6].
Після поділу Чорноморського флоту база перейшла до України[4]. За угодою між Російською Федерацією і Україною про параметри розподілу Чорноморського флоту 9 червня 1995 українській стороні перейшли наступні об'єкти на території Новоозерного: повсякденний командний пункт, 682-й вузол зв'язку, 1861-й вузол зв'язку, 3335-й склад засобів, 747-й пункт контролю безпеки зв'язку, 1296-тa станція ФПС, 61-ша лабораторія налаштування і регулювання озброєння, 2818-й склад пального, військово-морський госпіталь з поліклінічним відділенням, 560-та корабельна група спецмеддопомоги, 273-й санітарно-епідеміологічний загін, медичний склад, об'єднаний склад озброєння та майна, управління морської інженерної служби, мобільне депо, електромережа, дорожньо-експлуатаційна дільниця, вузол комплексного технічного контролю, лабораторія вимірювальної техніки, розрахунково-аналітична станція, гідрометеослужба, автомобільний склад, гараж № 3, 43-тя флотська команда, берегові бази 4533-тя, 5713-та й 4258-ма, Будинок офіцерів, матроський клуб, видавництво газети Кримської ВМБ, кінопрокатна база й військова комендатура[7].
27 березня 1996 року було завершено прийом об'єктів Кримської військово-морської бази і урочисто піднято Військово-Морські Прапори України на 17 кораблях і суднах створеного Південного військово-морського району ВМС України в Новоозерному. До складу ВМС увійшли великий десантний корабель «Костянтин Ольшанський», десантні кораблі на повітряній подушці «Горлівка», «Краматорськ», «Артемівськ», малі протичовнові кораблі «Хмельницький» і «Ужгород», базові тральщики «Мелітополь», «Маріуполь» й «Генічеськ», розвідувальні кораблі «Івано-Франківськ» і «Чернівці», рейдовий буксир «Ковель», протипожежний катер «Євпаторія», плавкран «Каланчак» та інші судна забезпечення. Кораблі та катери передавалися у занедбаному та розграбованому стані, російські військовослужбовці навмисно псували матеріальну частину, викрадали і нищили технічну документацію. Завдяки роботі особового складу та шефській допомозі регіонів України, більша частина корабельного складу була відновлена.
9 липня 1996 частина була перетворена в Південний морський районВійськово-морських сил України[4]. До нього увійшли органи військового управління, кораблі, судна, військові частини і підрозділи з пунктами базування по всьому Криму. Першим командиром був призначений контр-адмірал Борис Миколайович Рекуц[8].
29 квітня 2009 на штабом був піднятий найбільший військово-морський прапор України розміром 4 на 6 метрів, прапор було піднято на честь переходу Чорноморського флоту під контроль Української Народної Республіки в 1918 році[11].
24 березня 2014 року Рада національної безпеки і оборони України доручила Міністерству оборони України провести передислокацію військових частин, які знаходяться в Автономній Республіці Крим, на материкову Україну.
25 березня 2014 року в заблокованому окупантами озері Донузлав із застосуванням катерів, буксирів і вертольотів, підрозділів спеціального призначення російські окупанти після тривалого героїчного спротиву захопили останній в Криму корабель під прапором ВМС ЗС України – морський тральщик «Черкаси», обороною якого керував командир корабля капітан 3 рангу Юрій Федаш.
Структура
Станом на 2018 рік:
21-ша окрема радіотехнічна рота, в/ч А1980 (м. Миколаїв)
рота охорона Південної ВМБ
29-й дивізіон надводних кораблів, в/ч А0898 (м. Миколаїв)