Згідно з постановою Верховної Ради України «Про військові формування в Україні», ухваленою 24 серпня 1991 року, всі військові формування, дислоковані на її території, було підпорядковано Верховній Раді України і створено Міністерство оборони.
18 січня 1992 року першою на Чорноморському флоті Військову Присягу на вірність Українському народу склала 3-тя рота школи водолазів Чорноморського флоту (м. Севастополь) під командуванням капітана 3 рангу Олександра Клюєва[2].
25 січня 1992 року в Севастополі в урочистій обстановці склав Військову Присягу на вірність Українському народу особовий склад 257-ї школи прапорщиків будівельних військ (в/ч 43196), якою командував полковник Анатолій Вельський[3]. У цьому військовому містечку по вулиці Соловйова 12, згодом був розташований штаб Військово-Морських Сил Збройних Сил України (в/ч А0225).
9 липня 1992 року під керівництвом військового коменданта Севастопольського гарнізону підполковника Володимира Звєрєва майже повним складом слали Військову присягу на вірність Українському народові військовослужбовці гарнізонної комендатури, серед яких майор Сергій Панніков, капітан Сергій Булуктаєв та інші. 10 липня українські військовослужбовці із застосуванням фізичної сили були витіснені з приміщення десантно-штурмовим підрозділом морської піхоти ЧФ. Підполковник В. Звєрєв і полковник В. Індило на знак протесту оголосили голодування.
24 серпня 1996 року з нагоди 5-ї річниці незалежності України командування ВМС України провело в Севастополі перший військовий парад Севастопольського гарнізону. В параді взяв участь особовий склад частин та кораблів ВМС, військ Протиповітряної оборони, Національної гвардії України, Прикордонних військ.
З 1997 року відповідно до договору між урядами України і РФ, на території Севастополя в оренду Російській Федерації передані ділянки землі загальною площею 3614,2 га. Орендна плата за земельні ділянки, водні акваторії та використання об'єктів водної інфраструктури складають 97,75 млн. $ на рік, що приблизно відповідає 770 млн.₴ (на 2010)[4].
Структура
Частини, кораблі, судна (катера) та їхня дислокація станом на весну 2014 року[5]:
Середній розвідувальний корабель «Екватор» (б/н 418, в/ч 81355)
Середній розвідувальний корабель «Кільдін» (б/н 406, в/ч 26859)
102-й загін спеціального призначення з боротьби з підводними диверсійними силами та засобами (102 загін СпП з боротьби з ПДСЗ, в/ч 27203, м. Севастополь, бухта Південна):
