Флотилія Військово-Морських Сил ЗС України(Флотилія ВМСУ) — оперативне об'єднання або оперативно-тактичне об'єднання у Військово-морських силах України для виконання бойових завдань, а також підготовки корабельно-катерного складу ВМС.
На початку 2020 року, у складі Морського командування ВМС України всі кораблі, катери та судна з шести різних дивізіонів були зведені у флотилію ВМС ЗС України. Для розподілу функцій за стандартами НАТО флотилія і надалі буде працювати з придбання можливостей з підготовки корабельного складу.
