Il doit officier à Soissons (l'évêché de l'Aisne remplaçant l'évêché de Soissons et l'évêché de Laon, ce dernier disparaissant définitivement) ; Henri-Joseph-Claude de Bourdeilles, évêque de Soissons à qui il va prendre, au moins matériellement, l'épiscopat, conteste vigoureusement ses attributions (« tous les titres qu'il peut [...] produire sont radicalement nuls. »), le déclare sacrilège et schismatique, et par là candidat à l'excommunication ; on l'accuse de vouloir faire assassiner Marolles. Ce dernier s'installe finalement le , reçu chaleureusement par la population. Le , dans la lettre apostoliqueCaritas, le Pape déclare que « l'élection de l'abbé Marolles [est] illégitime, sacrilège, absolument nulle et comme telle cassée et abrogée » et le menace d'excommunication s'il ne renonce pas.
Marolles est dénoncé par la suite par les historiens catholiques de l'évêché (il aurait fait abattre une chapelle gothique, oratoire particulier de l'évêque, car « monument élevé à l'inégalité »), loué pour sa modération et son ouverture d'esprit par d'autres. Il rejoint par la suite le culte de la Raison.
Il renvoie ses lettres de prêtrise le 25 brumaire de l'an II (), à la suite de l'instauration de l'être suprême et l'abdication de ses vicaires généraux ; il n'est jamais remplacé. Nommé capitaine de la garde nationale, il devient infirmier à l'hôpital militaire de Soissons où il contracte une maladie et meurt le .
Honoré Fisquet, La France pontificale (Gallia christiana), histoire chronologique et biographique des archevêques et évêques de tous les diocèses de France depuis l'établissement du christianisme jusqu'à nos jours, divisée en 17 provinces ecclésiastiques - Métropole de Reims - Soissons et Laon, Paris : E. Repos, 1864-1873, pp.101-104 [1]
Édouard Fleury, Le clergé du département de l'Aisne, pendant la Révolution[2]
Yves Dreux, « Église et contre-révolution : la mission Laonnoise (1795-1802) », inAnnales historiques de la Révolution française. no 297, 1994. p. 547–561. [3]
Odon Delarc L'église de Paris pendant la révolution française, 1789-1801, Volume 1 [4]
« Le clergé du soissonnais pendant la Révolution, 1789-1791 » inMémoires de l'Aisne, tome 34 [5]
« De quelques revenus de la ville de Soissons sous le premier Empire », inMémoires de l'Aisne, tome 4 [6]
Pierre de la Gorce, Histoire religieuse de la Révolution Française[7]
Paul Brazier, « Les loges maçonniques saint-quentinoises du XVIIIe siècle », Mémoires de la Fédération des Sociétés savantes de l'Aisne, t. 7, 1961, (p. 138-150), p. 144.
