À l'ouest : du tanjung Sopi (2° 38′ 43″ N, 128° 34′ 02″ E), l'extrémité septentrionale de pulau Morotai, jusqu'au tanjung Andaruwa (4° 29′ 25″ N, 126° 51′ 16″ E), sur la côte nord-est de pulau Karakelong, dans l'archipel Talaud, de là vers le sud le long des côtes jusqu'au tanjung Pallo (3° 43′ 42″ N, 126° 49′ 22″ E), l'extrémité méridionale de pulau Kaburuang, de là une ligne jusqu'à la pointe sud de Sangihe Besar (3° 20′ 16″ N, 125° 36′ 42″ E), à travers cette île jusqu’à sa pointe nord et de là une ligne en direction du nord, jusqu'à Tinaca Point (5° 33′ 18″ N, 125° 19′ 55″ E), l'extrémité sud de Mindanao, puis montant sa côte ouest jusqu'à Tagolo Point (8° 43′ 36″ N, 123° 22′ 45″ E), de là traversant jusqu'à Siaton Point (9° 02′ 18″ N, 123° 00′ 57″ E), l'extrémité sud de Negros, puis remontant le long de la côte ouest de cette île jusqu'à son extrémité nord, de là une ligne jusqu'à Tagubanhan Island (11° 08′ 31″ N, 123° 09′ 07″ E), le long des côtes sud-est et ouest de Panay jusqu'à Nasog Point (11° 53′ 56″ N, 121° 53′ 06″ E), son extrémité nord-ouest, une ligne passant par les îles Caluya et Semirara, jusqu'à Buruncan Point (12° 12′ 26″ N, 121° 14′ 39″ E), l'extrémité sud de Mindoro. De là, sa côte sud-ouest jusqu'au cape Calavite (13° 26′ 42″ N, 120° 17′ 57″ E), la pointe nord-ouest de Mindoro. De là, une ligne joignant le cape Calavite à Palapag Point (13° 51′ 52″ N, 120° 05′ 26″ E), l'extrémité nord-ouest de l'île de Lubang, puis une ligne joignant Fuego Point (14° 08′ 05″ N, 120° 34′ 07″ E), sur la côte sud-ouest de Luçon, ensuite le long des côtes occidentales et septentrionales de cette île jusqu'au cap Engaño (18° 31′ 25″ N, 122° 13′ 08″ E), de là une ligne en direction du nord jusqu'aux extrémités orientales de Balintang et d'Amianan, de cette dernière île une ligne en direction du nord-est jusqu'à l'Oluan Bi (21° 53′ 49″ N, 120° 51′ 35″ E), l'extrémité méridionale de Taïwan, puis par la côte est jusqu'au Sandiao Jiao (25° 00′ 53″ N, 122° 00′ 20″ E), son extrémité nord-est.
Au nord : depuis le Sandiao Jiao, l’extrémité nord-est de Taïwan, une ligne jusqu’à la pointe ouest de Yonaguni-jima puis jusqu’à Hateruma-jima (24° 03′ 39″ N, 123° 48′ 38″ E). De là une ligne excluant les Miyako-retto jusqu’à la pointe est de Miyako-jima et de là jusqu’à Ara Saki (26° 04′ 29″ N, 127° 40′ 36″ E), l’extrémité méridionale de Okinawa-shima, à travers cette île jusqu’à Adaga-jima, sur la pointe est de Kikaiga-shima, à travers Tanega-shima jusqu’à sa pointe nord, et jusqu’à Hi Zaki (31° 17′ 04″ N, 131° 07′ 51″ E) à Kyushu puis le long des côtes japonaises jusqu'à la péninsule d'Izu.
Le fond de la mer des Philippines est constitué par la plaque philippine qui, à l'ouest, passe sous la plaque eurasiatique ayant formé l'archipel des Philippines. Entre les deux plaques se trouve la fosse des Philippines (10 540 mètres de profondeur).