Nella stagione 1999-2000 il Lumezzane disputa il girone A del campionato di Serie C1, raccoglie 38 punti con il 14º posto della classifica, per ottenere il mantenimento della categoria disputa il playout contro il Montevarchi, pareggia in Toscana e vince in Valle Gobbia, ottenendo la salvezza. Allenato da Alessandro Scanziani nella prima parte della stagione, poi da Giuseppe Pillon nel finale di campionato. Mette insieme 19 punti tanto nel girone di andata, ché nel ritorno, facendosi trovare pronto negli spareggi. Più soddisfazioni nelle due Coppe Italia, nella Coppa Italia nazionale, giocata grazie al terzo posto ottenuto la stagione scorsa, il Lumezzane disputa il girone 3 di qualificazione, vinto dal Genoa. Poi partecipa alla Coppa Italia di Serie C iniziando dai sedicesimi, dove elimina il Brescello, negli ottavi supera la Reggiana, nei quarti elimina il Padova, in semifinale cede il passo al Pisa.