Il campionato di calcio di Eccellenza regionale 1999-2000 è stato il nono organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano. Il campionato è strutturato su vari gironi all'italiana su base regionale.
Questo è il quadro delle squadre promosse alla Serie D dai vari campionati di Eccellenza regionale. Sono ammesse alla massima categoria dilettantistica italiana le vincenti dei rispettivi campionati regionali più le sette migliori squadre risultanti dai play-off a cui accedono le squadre designate dai vari comitati regionali a seguito dei propri regolamenti.
Per la prima volta vengono effettuati i play-out regionali per designare le retrocessioni in Promozione. Apripista in questo caso sono Piemonte e Sicilia.
^Il Bolzano nel 1999 venne ripescato nel C.N.D. ad inizio campionato. Aveva iniziato la coppa regionale che poi vinse ma non venne ammesso alla Fase Nazionale
^Tezze sul Brenta, giunta 2ª in campionato, promossa in Serie D dopo squalifica del Lonigo (1°) per decisione Comitato Regionale a seguito di illecito sportivo
^giunto 3º in campionato, ha scalato una posizione per la squalifica del Lonigo
^abil Bessica successivamente viene assorbito dalla Luparense, che acquisisce il diritto a disputare la Serie D
Bibliografia
L'Annuario F.I.G.C.1999-00, Roma (2000) conservato presso: