Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 1999-2000 è stato il nono organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questo è il campionato regionale della regione Lombardia gestito dal Comitato Regionale Lombardia. Sebbene non più di competenza, perché dal 1995 la provincia di Piacenza è tornata a essere gestita dal Comitato Regionale Emilia-Romagna, L'A.C. Castellana di Castel San Giovanni ha anche per questa stagione sportiva ottenuto di poter disputare i campionati lombardi.