Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti l'Atalanta Bergamasca Calcio nelle competizioni ufficiali della stagione 1999-2000.
Stagione
Marco Nappi: il neoacquisto è l'autore, l'11 giugno 2000 contro il Cesena, del gol-promozione.
Nella stagione a cavallo del secolo 1999-2000, dopo la precedente annata, nella quale la promozione era sfuggita all'ultima giornata, la società decide di affidare l'undici nerazzurro a Giovanni Vavassori, tecnico della squadra Primavera.
Il nuovo allenatore detta ferree regole e punta decisamente sui giovani provenienti dal vivaio, ottenendo subito ottimi risultati, vincendo cinque delle prime sei partite. L'andamento positivo subisce un lieve rallentamento nella fase centrale del torneo, per riprendere definitivamente nella fase cruciale del campionato. Il calcio espresso suscita grandi entusiasmi nella piazza bergamasca, anche grazie all'ottimo mix tra giocatori giovani e pieni di entusiasmo (i vari Zauri, Bellini, Lorenzi e i gemelli Zenoni) e quelli più esperti (Caccia, Carrera, Nappi e Doni su tutti).
La stagione si conclude al terzo posto con 63 punti, a pari merito con Brescia e Napoli, dietro al Vicenza capoclassifica a quota 67, e conseguente promozione in Serie A per tutte e quattro. Sugli scudi due marcatori atalantini, con 23 reti il centravanti Nicola Caccia e con 17 gol stagionali il centrocampista Cristiano Doni.
Anche il cammino in Coppa Italia è positivo: i nerazzurri eliminano infatti nella fase preliminare a gironi la Cremonese, la Pistoiese e il Chievo, quindi nel secondo turno il Torino; negli ottavi all'Atalanta spetta il Milan, sconfitto all'andata (3-2, con una doppietta di Marco Nappi a tempo scaduto) ma poi capace di ribaltare seccamente le sorti del doppio confronto, rifilando un netto 3-0 nella gara di ritorno che decreta l'eliminazione dei bergamaschi dalla competizione nazionale.
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