Nella stagione 2000-2001 il Cittadella disputa il campionato di Serie B, raccoglie 45 punti con il 14º posto in classifica. Per la squadra granata neopromossa si è trattato del primo campionato cadetto, e l'obiettivo del Cittadella di Ezio Glerean non può essere che il mantenimento della categoria. Ad agosto disputa il turno preliminare della Coppa Italia, inserita nel girone 4, ottiene solo un pareggio ad Ascoli e due sconfitte interne con Salernitana e Cagliari. Lo Stadio Tombolato di Cittadella è in ristrutturazione per adeguarlo alla categoria superiore servono parecchi mesi, quindi la squadra granata gioca le sue gare interne di questa stagione allo Stadio Euganeo di Padova. In campionato invece il Cittadella parte discretamente, senza accusare il cambio di categoria, al giro di boa all'Epifania ha raccolto 24 punti, in una posizione tranquilla, anche il girone di ritorno non determina problemi di classifica pur perdendo qualche posizione, ma ultimando il torneo con 7 punti sopra la zona retrocessione.