在1999年,業餘古生物學家Peter Katschmekat在德國巴伐利亞州艾希施泰特近郊發現一個翼龍類化石,該地屬於著名的索倫霍芬石灰岩(Solnhofen Limestone)地層。瑞士巴塞爾自然使博物館將這個化石進行處理、清除母岩。在2011年,埃伯哈德·弗雷伊(Eberhard Frey)、克莉斯汀·汪邁爾(Christian A. Meyer)、Helmut Tischlinger等人將這個化石進行正式敘述、命名,模式種是原始黎明神翼龍(A. primordius)。屬名裡的aurora在拉丁文意為「黎明、曙光」;種名拉丁文意為「非常原始的」[1]。
黎明神翼龍的正模標本(編號NMB Sh 110)發現於上艾希施泰特組(Upper Eichstätt Formation),地質年代約1億5000萬年前,相當於侏儸紀晚期的早提通階。化石是一個接近完整、保存狀態良好的身體骨骼,只缺乏頭顱骨、頸椎,身體骨骼位於一個石塊裡,而對應石板保存了頭顱骨、頸椎的輪廓。這個地區過去是個潟湖地形,動物屍體掉落湖底後,被泥沙掩埋成為化石。研究人員利用紫外線攝影技術,偵測化石周圍的磷酸氫鈣分布狀況,以瞭解屍體埋藏在泥沙裡的最後姿態。研究人員提出假設,這個翼龍類在生前曾遭受攻擊,頸部幾乎斷裂,沉入湖底後不久,頭部、頸部被外力帶到其他地方,而身體被泥沙掩埋。根據骨盆的癒合狀態,這個化石是亞成年個體;由於骨盆狹窄,應為雄性個體[1]。