Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 2016-2017 è il ventiseiesimo organizzato in Italia. Rappresenta il quinto livello del calcio italiano.
Questi sono i gironi organizzati dal Comitato Regionale della Sicilia.
Le gare si disputano in orari differenti a seconda dei periodi dell'anno: alle 15:30 dalla prima alla settima giornata, alle 14:30 dall'ottava alla diciottesima, alle 15:00 dalla diciannovesima alla ventiseiesima, alle 16:00 dalla ventisettesima alla trentesima e le gare di play-off e play-out.
Play-off e play-out si disputano soltanto se fra le due squadre ipoteticamente coinvolte ci sono meno di 10 punti di distacco. Se la seconda classificata ha almeno dieci punti di vantaggio sulla terza accederà direttamente alla fase nazionale degli spareggi.
Per la stagione 2016-17, fra le squadre aventi diritto a partecipare al torneo non si è iscritta la Leonfortese, proveniente dalla Serie D, dalla quale sono retrocesse anche Marsala e Scordia. La Sancataldese è stata ripescata nella categoria superiore. Dalla Promozione sei squadre sono state promosse al termine della stagione regolare: Biancavilla, Nissa, Real Avola, Riviera Marmi, Sant'Agata e Torregrotta. A queste si aggiungono il Belpasso, vincitore della Coppa Italia di categoria, e le ripescate Licata, Pistunina e Terranova Gela, nuova denominazione dell'Atletico Gela.
Legenda: Paceco promosso in Serie D 2017-2018. Troina promosso in Serie D 2017-2018 perché finalista della Coppa Italia Dilettanti 2016-2017, vinta dal Villabiagio già promosso tramite il campionato. Nissa retrocessa in Promozione 2017-2018 dopo play-out. Marsala e Terranova Gela retrocesse in Promozione 2017-2018.
Legenda: Palazzolo promossa in Serie D 2017-2018. Acireale ammessa ai Play Off nazionali. Ripescata in Serie D 2017-2018. Sporting Viagrande retrocessa in Promozione 2017-2018 dopo play-out. Belpasso e Torregrotta retrocesse in Promozione 2017-2018.
^Gara inizialmente conclusasi con il risultato di 1-2; in seguito il giudice sportivo ha decretato la sconfitta a tavolino per 0-3 ai danni della società Marsala per posizione irregolare di un calciatore.
^Sospesa al minuto 52 perché il Terranova Gela si è trovata sul campo con un numero di calciatori inferiore al minimo prescritto. Mantenuto il risultato parziale del campo
^Sospesa al minuto 60 perché il Terranova Gela si è trovata sul campo con un numero di calciatori inferiore al minimo prescritto. Mantenuto il risultato parziale del campo