Prima dell'avvio della stagione 1998-99 Francesco Guidolin, reduce dall'ottima esperienza fatta a Vicenza, dove ha conquistato la Coppa Italia, ha preso il posto lasciato vacante da Alberto Zaccheroni. In campionato i friulani si piazzano sesti a pari merito con la Juventus, i risultati del doppio spareggio, (0-0) al Friuli e (1-1) al Delle Alpi di Torino, ha fruttato per l'Udinese la qualificazione alle coppe europee. Lo scudetto ha premiato il Milan davanti a Lazio e Fiorentina. A Udine le cessioni eccellenti di Oliver Bierhoff e Thomas Helveg al Milan fanno cassa, mantenendo comunque i bianconeri tra le migliori squadre del campionato, in lotta per il terzo posto fino alla penultima giornata, sconfitti (1-2) dal Perugia al Friuli. La terza qualificazione in Coppa UEFA viene conquistata anche, grazie alle 22 reti del brasiliano Marcio Amoroso, così come accaduto nel precedente campionato, è stato un attaccante udinese a vincere la palma di capocannoniere del massimo torneo, la scorsa stagione è toccato a Oliver Bierhoff, in questa a Marcio Amoroso.
Si è conclusa subito nei trentaduesimi di finale, l'esperienza in Coppa UEFA dei friulani per mano dei tedeschi del Bayer Leverkusen, che hanno imposto il pari ad Udine (1-1) e vinto (1-0) al BayArena. Nella Coppa Italia l'Udinese supera i sedicesimi sconfiggendo il Gualdo nel doppio confronto, poi negli ottavi supera il Vicenza, mentre nei quarti lascia il torneo, eliminata dal Parma.
Rosa
Il brasiliano Márcio Amoroso, alla sua ultima stagione a Udine, è capocannoniere del campionato con 22 gol.
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