Chaque département de la Bourgogne tire profit de ses produits, de ses ressources agricoles, et traditions et savoir faire culinaires, héritières des cuisine gauloise et médiévale ancestrales.
Aussi distingue-t-on les cuisines dites « de la côte vineuse », laquelle s’étend sur les départements de la Côte-d'Or et de Saône-et-Loire, poussant son influence jusqu’aux confins du Lyonnais. Cette cuisine tire son caractère spécifique de l’usage du vin, voire du raisin et de la viande de bœuf (charolaise) avec, par exemple, le coq au vin (plus exactement à la lie de ce vin, ou coq au Chambertin), les œufs en meurette, le jambon persillé, le bœuf bourguignon et les tartes aux pêches de vigne. Les usages des dérivés, tels que le moût ou le verjus, ont donné lieu à des préparations maintenant tombées en désuétude, mais que le Moyen Âge avait coutume de « mettre à sa table ».
La cuisine du Morvan recoupe une zone géographique s'étendant majoritaire sur la Nièvre et le sud du département de l'Yonne. La cuisine morvandelle est elle aussi fondée sur le principe ancien de nourriture roborative et puise allègrement dans les féculents, telle la pomme de terre (en patois « lai treuffe »), la crème fraîche, le lard et les salaisons (jambon cru, rosette). Le crâpiau (en patois « grâpiau », « crépiâ »), crêpe de sarrasin très épaisse au lard, aromatisée de persil et d’ail, est une recette traditionnelle. On se doit de citer le jambon en saupiquet, plus communément nommé jambon à la crème. C'est une spécialité de Saulieu. On trouve aussi la râpée, galette confectionnée avec des pommes de terre râpées et frites à la poêle, que l'on consomme avec un fromage à pâte fraîche à la crème (en patois le quiâque bitou).
De tradition paysanne, les gaudes, confectionnées à partir de farine de maïs, ont aujourd'hui tendance à disparaître, tandis que les gougères se servent toujours en entrée ou en apéritif. D'autres plats similaires existent, tels que la tarte aux fruits cuits, la brioche aux lardons, aux pralines ou encore la brioche en couronne.
La vocation charcutière de la Bourgogne et du Morvan repose essentiellement sur le saucisson, comme le judru de Chagny, la rosette, le saucisson cendré, les galets du mont de Sène, le pavé du Morvan (sorte de saucisson séché sans boyau), mais aussi sur le jambon, les andouilles et les andouillettes. Le jambon persillé est l'une des spécialités de Dijon.
Les plats préparés avec de la volaille ou du gibier sont essentiellement le coq au vin, le poulet Gaston Gérard, la poularde à la bourgeoise (cuisinée à l'étouffée, avec lardons et carottes) et le lièvre à la Piron (du nom d'un gastronome du XVIIIe siècle), piqué de lard, mariné et servi avec une sauce à la crème.
La pôchouse est le principal plat traditionnel bourguignon à base de poisson, c'est une matelote de poissons de rivière préparée avec du vin blanc. On la distingue d'une recette de poissons voisine, la matelote, cuisinée au vin rouge et plutôt commune au val de Loire et au Nivernais.
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