Les transports dans le département français de l'Yonne sont principalement organisés autour de l'un des axes de communication principaux du territoire français, celui qui relie l'Île-de-France à la vallée du Rhône, et qui traverse le département du nord-ouest au sud-est. Les routes nationales 5 et 6 et la ligne de Paris-Lyon à Marseille-Saint-Charles assuraient ainsi une desserte de qualité à de nombreux bourgs d'un département pourtant rural et peu peuplé. En revanche, le département de l'Yonne bénéficie peu des infrastructures plus récentes, autoroutes A6 et A5 et LGV Sud-Est, qui le desservent peu — 9 échangeurs sur les 185 km d'autoroutes du département — ou pas — aucune desserte TGV.
L'Yonne était traversée par la route nationale 6, l'un des plus importants axes routiers de France avant la construction des autoroutes, qui reliait Paris à Lyon et au sud-est et était équipé de nombreuses voies de dépassement et contournements d'agglomérations. Cette route a été déclassée en route départementale 606 et son trafic, qui reste important, est principalement régional et local : elle passe dans ou à proximité des six communes les plus peuplées du département, soit du nord au sud Sens, Villeneuve-sur-Yonne, Joigny, Migennes, Auxerre et Avallon[2].
Les principaux axes routiers du département sont aujourd'hui les autoroutes :
A6, qui a remplacé la RN 6 pour les circulations entre Paris et le Sud-Est et qui dessert notamment Auxerre et Avallon,
A5, construite en partie dans le but de doubler l'A6 saturée, qui dessert notamment Sens avant de se diriger vers Troyes,
A19, qui relie les deux premières au niveau de Sens et se poursuit vers Montargis et Orléans.
Ces autoroutes, toutes concédées et payantes, ont en commun un faible nombre d'échangeurs avec le réseau routier local : il y a ainsi souvent plus de 20 km entre deux échangeurs.
Actuelles et anciennes autoroutes et routes nationales du département
Identifiant
Origine
Principales agglomérations desservies dans le département
Autoroute entièrement concédée et payante dans le département, à 2x3 voies entre l'échangeur de l'A19 et la sortie 19 (Auxerre-Nord), à 2x2 voies ailleurs.
Frontière suisse vers Martigny (après un premier passage par la Suisse au niveau de Genève)
Déclassée en RD 905 dans les années 1970 entre Sens et Dijon ; la section Paris - Sens, qui jusque-là portait la dénomination de RN 5, est alors renommée en RN 6.
Route nationale 5 à Avrolles près de Saint-Florentin
En tronc commun avec la RN 5 de Montereau-Fault-Yonne à Sens. Le tronçon de cette route situé dans l'Yonne entre Sens et Avrolles a été repris dans les années 1930 par les RN 6 et 443, puis déclassé dans les années 1970 et en 2006.
Route nationale 65 à Auxerre (avant 2006 : frontière italienne vers Turin)
Déclassée en 2006 en RD 906 dans le département, sauf une courte section entre l'A6 et Auxerre et la rocade d'Auxerre qui reste classée dans le réseau routier national.
Le tronçon situé entre Clamecy et Auxerre, en tronc commun avec la RN 151, a pris le nom de celle-ci dans les années 1970. Le tronçon Auxerre - Troyes est toujours classé dans le réseau routier national.
Auxerre (jusqu'aux années 1970 : route nationale 6 à Givry, vers Avallon)
Déclassée dans les années 1970 en RD 951 à l'est de Clamecy. La RN 151 reprend alors le tronçon Clamecy - Auxerre de la RN 77, qui reste classé jusqu'à ce jour dans le réseau routier national.
Nom porté par l'ancienne RN 6 au niveau du centre-ville de Sens après que celle-ci a été déviée par l'extérieur de la ville. Déclassée en 2006 en RD 906B.
La première ligne de chemin de fer de l'Yonne, et qui reste jusqu'à nos jours son axe structurant, est la ligne « impériale » de Paris à Lyon et Marseille, ouverte entre 1849 et 1851 dans le département. La gare de Laroche - Migennes, à l'origine de l'embranchement vers Auxerre ouvert en 1855, mais surtout située à mi-chemin entre Paris à Dijon à une époque où les locomotives à vapeur ne pouvaient parcourir cette distance sans arrêt, sera à l'origine de la transformation du village de Migennes en une importante ville cheminote. La ligne Paris-Marseille sera quadruplée dans les années 1920-1930 jusqu'à Saint-Florentin, faisant de Paris - Saint-Florentin le plus long tronçon à quatre voies du réseau ferroviaire français, puis électrifiée dès 1949-1950.
L'Yonne a également été desservie par quelques lignes de chemins de fer d’intérêt local. Le « tacot du Serein » relie Laroche - Migennes à L'Isle-sur-Serein par Chablis et Noyers à partir de 1887. Les Chemins de fer d'intérêt local de l'Yonne ouvrent entre 1901 et 1914 plusieurs lignes entre Sens et la Seine-et-Marne et entre Joigny, Toucy et Auxerre. Les Chemins de fer départementaux (CFD), qui reprennent ce réseau en 1923, le complètent à la fin des années 1920 par des lignes reliant Sens à Villeneuve-l'Archevêque et Nogent-sur-Seine. Toutes ces lignes fermeront entre 1938 et 1951[3].
L'ouverture de la LGV Sud-Est en 1981-1983 entraîne l'arrêt de la circulation de trains de longue distance sur la ligne classique Paris-Marseille. Un TGV « Melun Yonne Méditerranée » circule à partir de 1999 et permet une desserte de Lyon, Marseille voire Montpellier largement améliorée depuis Sens et Laroche-Migennes, mais est abandonné en 2011 faute de fréquentation.
Cartes du réseau ferroviaire dans le département
Le réseau ferroviaire à son apogée en 1930.
Le réseau ferroviaire de nos jours.
Carte animée de l’évolution du réseau ferroviaire.
La gare la plus fréquentée est Sens avec 1 150 000 voyageurs, suivie d'Auxerre-Saint-Gervais, Laroche - Migennes et Joigny dont la fréquentation annuelle est comprise entre 340 000 et 450 000 voyageurs en 2019[4]. La gare de Sens, située à une heure de Paris, a une activité essentiellement marquée par les liaisons pendulaires entre la capitale et la région sénonaise.
Raccordement entre la LGV Sud-Est et la ligne classique Paris-Marseille juste avant Montbard, à double voie électrifiée en courant alternatif 25 kV 50 Hz, destiné uniquement aux trains de voyageurs.
Ligne impériale, électrifiée en courant continu 1500 V, ouverte aux trafics de fret et de voyageurs. Quatre voies jusqu'en gare de Saint-Florentin - Vergigny, deux au-delà.
Ligne fermée à tout trafic commercial et en grande partie déclassée, mais le train touristique de Puisaye-Forterre circule entre Toucy et Saint-Fargeau.
Ligne fermée à tout trafic commercial et en quasi-totalité déclassée dans le département, mais le train touristique de Puisaye-Forterre circule entre Villiers-Saint-Benoît et Fontenoy.
L'Yonne est navigable à moyen gabarit en aval d'Auxerre (classe II CEMT jusqu'à Villevallier et classe III CEMT au-delà[5]), jusqu'à son confluent à Montereau-Fault-Yonne avec la Seine canalisée à grand gabarit. Le port fluvial multimodal de Gron s'est développé grâce à la création d'une navette vers Le Havre, pour les conteneurs et les colis lourds, inaugurée en .
L'activité aérienne est fortement limitée, d'une part par la démographie et d'autre part par la proximité de Paris. Le petit aéroport d'Auxerre - Branches n'est pas desservi par des lignes régulières mais accueille des vols de loisirs, de tourisme, d'affaires, sanitaires et de formation. Le département compte également plusieurs aérodromes dédiés principalement à l'aviation de loisirs et de tourisme : Avallon, Joigny, Pont-sur-Yonne et Saint-Florentin - Chéu.