Radlkofer führte in der Fortsetzung von Matthias Schleiden die anatomische Analyse als Bestimmungsmethode für pflanzliche Pharmaka in der Pharmakognosie und die botanische Systematik ein. Er berichtigte endgültig den Irrtum Schleidens über die Rolle des Pollen und bestätigte die Untersuchungen von Wilhelm Hofmeister über die Befruchtung der Phanerogamen.
Die Befruchtung der Phanerogamen. Ein Beitrag zur Entscheidung des darüber bestehenden Streites. Engelmann, Leipzig 1856. (Digitalisat)
Ludwig Radlkofer: Ueber Krystalle proteinartiger Körper pflanzlichen und thierischen Ursprungs: Ein Beitrag zur Physiologie der Pflanzen und Thiere, zur Chemie und Physik der organischen Körper. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1859. (Digitalisat)
L. Radlkofer: Monographie der Sapindaceen-Gattung Serjania. K. B. Akademie, München 1875, S.392. (Digitalisat)
Über die Sapindaceen Holländisch-Indiens. Amsterdam 1877. (Digitalisat)
L. Radlkofer: New Sapindaceae from Panama and Costa Rica. Smithsonian Institution, Washington 1914.
Ludwig Radlkofer: Ergänzungen zur Monographie der Sapindaceen-Gattung Serjania. Verl. der königlichen Akademie, München 1886.
Ludwig Radlkofer: Ueber die Arbeit und das Wirken der Pflanze: Rede an die Studierenden beim Antritte des Rectorates. Kgl. Hof- und Universitätsbuchdruckerei, Dr. C. Wolf & Sohn, München 1886, S.24.
Ludwig Radlkofer: Ueber die Methoden in der botanischen Systematik, insbesondere die anatomische Methode: Festrede. Verlag der k. b. Akademie, München 1883, S.64.