Attestata per la prima volta nel 1034 come Cozemano, nel Medioevo il territorio fu in parte feudo dell'arcivescovo Ariberto d'Intimiano. Poi, dal 1648, appartenne interamente ai Masserani.
Al 31 dicembre 2008 gli stranieri residenti nel comune di Borgo San Giovanni in totale sono 213[8], pari al 10,79% della popolazione. Tra le nazionalità più rappresentate troviamo:
Secondo lo statuto comunale, il territorio comunale comprende, oltre al capoluogo, le frazioni di Ca' dell'Acqua, Domodossola, Domodossolina e Sacchelle, le cascine Ca' de Geri, Colombera, Frandellona e Rita, e agglomerati e case sparse[9].
L'agricoltura e l'allevamento del bestiame (suini e bovini) sono ancora settori economici attivi. Tuttavia Borgo San Giovanni vanta una discreta presenza industriale.
Si assiste comunque ad un pendolarismo su Milano e Lodi.
^Regio decreto24 gennaio 1929, n. 178, in materia di "Autorizzazione al comune di Cazzimani a modificare la propria denominazione in «Borgo Littorio»."