大学進学にあたって、音楽と物理学のどちらを選ぶかで悩んだ末、ケース工科大学(現在はケース・ウェスタン・リザーブ大学)で物理学を学ぶことにした。ケース工科大学で物理学を学んでいた頃、初期のコンピュータの一つである IBM 650 と出会う。そのマニュアルを読んだクヌースは、自分ならもっとうまくできると信じ、アセンブラとコンパイラのコードを書き換えることを決心した[8]。1958年、大学のバスケットボールのチームがリーグ優勝するのを助けるため、クヌースは各選手の能力に基づいたプログラムを構築した。これは当時あまりにも画期的だったため、ニューズウィーク誌に記事が掲載され、CBSイブニングニュースでウォルター・クロンカイトも取り上げた[8]。Engineering and Science Review という技術専門誌の立ち上げに編集者として参加しており、同誌は1959年に技術誌の国家的な賞を受賞している[9]。その頃物理学から数学に転向し、1960年には、ずば抜けた成果により学士号と修士号を同時に与えられた[8]。
クヌースは1957年、"Potrzebie System of Weights and Measures"(度量衡のPotrzebieシステム)というタイトルで学内雑誌に科学論文を発表した。その中で長さの基本単位を MAD誌(アメリカのユーモア雑誌)の26号の厚さとし、力の基本単位を "whatmeworry" とした。MAD誌はこの記事を買い取り、1957年6月号 (#33) に掲載した。
The Art of Computer Programming 第3巻の索引には "Royalties, use of, 405" という行がある。しかし405ページを見ても著作権使用料 (Royalty) に関する記述はなく、図2として "organ-pipe arrangement"(オルガン-パイプ配置)の図がある。彼の自宅のパイプオルガンは同書の著作権使用料で購入したのであった[20]。
Selected Papers on Computer Science[31] (Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 59) 1996. ISBN 1-881526-91-7
Digital Typography[32] (Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 78) 1999. ISBN 1-57586-010-4
Selected Papers on Analysis of Algorithms[33](Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 102) 2000. ISBN 1-57586-212-3
Selected Papers on Computer Languages[34] (Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 139) 2003. ISBN 1-57586-381-2 (cloth) ISBN 1-57586-382-0 (paperback)
Selected Papers on Discrete Mathematics[35] (Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 106) 2003. ISBN 1-57586-249-2 (cloth) ISBN 1-57586-248-4 (paperback)
Selected Papers on Design of Algorithms[36] (Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 191) 2010. ISBN 1-57586-583-1 (cloth) ISBN 1-57586-582-3 (paperback)
Selected Papers on Fun and Games[37] (Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 192) 2011. ISBN 978-1-57586-585-0 (cloth) ISBN 978-1-57586-584-3 (paperback)
Companion to the Papers of Donald Knuth[38] (Stanford, California: Center for the Study of Language and Information — CSLI Lecture Notes, no. 202) 2011. ISBN 978-1-57586-635-2 (cloth) ISBN 978-1-57586-634-5 (paperback)
^Knuth, Donald (1974). Surreal numbers : how two ex-students turned on to pure mathematics and found total happiness : a mathematical novelette. Addison-Wesley. ISBN978-0-201-03812-5
“Love at First Byte,” Kara Platoni, with photography by Timothy Archibald, STANFORD Magazine, May/June 2006. A retrospective of Knuth’s life and work, with some rare, recent photos.