Il réalise sa première patrouille, du port de Kristiansand le sous les ordres du KapitänleutnantErnst Raabe. Après Modèle:Nor de mer, l'U-246 rejoint le port de Stavanger qu'il atteint le .
L'Unterseeboot 246 effectue deux patrouilles dans lesquelles il ne coule ni n'endommage de navire ennemi au cours des 86 jours en mer.
Le , l'U-Boot est attaqué par un avion allié inconnu qui le frappe avec des charges de profondeur lui causant de graves dommages et le forçant à retourner à sa base[1].
Sa deuxième patrouille commence au port de Bergen le toujours sous les ordres du Kapitänleutnant Ernst Raabe. Après 44 jours en mer, il est porté disparu le dans la Mer d'Irlande au sud de l'île de Man à la position géographique de 53° 40′ N, 4° 53,5′ O. Il n'y a pas d'explication à cette disparition.
Les quarante-huit membres d'équipage sont déclarés morts[2].
Chris Bishop, historien militaire (trad. de l'anglais par Christian Muguet), Les sous-marins de la Kriegsmarine : 1939-1945 : le guide d'identification des sous-marins [« The spellmount submarine identification guide : Kriegsmarine U-boats 1939-1945 »], Paris, Éd. de Lodi, , 192 p. (ISBN978-2-84690-327-1, OCLC470721805, BNF41298980)
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