Боніфацій III запровадив дві суттєві зміни у процедурі виборів папи. По-перше, він видав декрет, яким заборонив будь-кому обговорювати за життя чинного папи кандидатуру його наступника. По-друге, Боніфацій III заборонив вчиняти будь-які дії щодо виборів нового папи до закінчення 3 днів з часу смерті попереднього папи.
Іншим важливим результатом діяльності Боніфація III стало підтвердження імператором Фокою першості єпископа Риму над іншими ієрархами церкви.