L'Eccellenza Campania 1998-1999 è stata l'ottava edizione del campionato italiano di calcio di categoria. Gestita dal Comitato Regionale Campania della Lega Nazionale Dilettanti, la competizione rappresentava il sesto livello del calcio italiano e il primo livello regionale. Parteciparono complessivamente 32 squadre, divise in due gironi.
Conclusasi l'edizione precedente, abbandonarono il campionato di Eccellenza Campania le promosse Viribus Unitis, Sorrento, Nuova Virtus Palmese e le retrocesse Fiamma Sangiovannese, San Pietro, Vis Montefalcione, Turris Consilina e Pontecagnano Faiano. Il Campionato Nazionale Dilettanti si concluse con la retrocessione di quattro squadre campane: Boys Caivanese, Giovani Cardito, Sanità Nola e Angri, mentre dal campionato di Promozione furono promosse Capua, Pro Sangiuseppese, Montesarchio e Marina di Camerota. Inoltre, fu ripescata la Sibilla a completamento organici.
Formula
Il campionato era diviso in due gironi da sedici squadre ciascuno. I gironi furono stilati attraverso criteri geografici: nel girone A furono inserite dodici squadre dell'hinterland napoletano e quattro squadre della provincia di Caserta; nel girone B parteciparono sette squadre della provincia di Salerno, quattro squadre della provincia di Avellino, quattro squadre del napoletano ed una squadra della provincia di Benevento.
Le squadre si affrontarono in gare di andata e ritorno, per un totale di 30 incontri per squadra. Erano assegnati tre punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta. Erano promosse nel Campionato Nazionale Dilettanti le vincitrici di ciascun girone, mentre il piazzamento in seconda posizione garantiva l'accesso ai play-off nazionali. Le ultime due classificate di ciascun girone retrocedevano direttamente in Promozione. In caso di arrivo a pari punti di due o più squadre in una posizione valevole per la promozione o la retrocessione era prevista la formula dello spareggio per definire la posizione finale delle squadre.