Entrou para a Ordem dos Agostinianos Recoletos, na província de Nuestra Señora de la Consolación. Ele estudou no Seminário Menor de São José dos Padres Agostinianos em Artieda. Então, ele frequentou os cursos de filosofia em Zaragoza e estudou teologia no Seminário Maior agostiniano Nossa Senhora da Consolação em Pamplona. Fez a profissão solene na Ordem dos Agostinianos Recoletos em 16 de setembro de 1967, em Pamplona.[1]
Foi ordenado padre em 13 de julho de 1969, em Pamplona. Cerca de dois anos depois, ele foi enviado para o Panamá, onde foi reitor da Colégio San Agustín, reitor da Universidade Católica Santa María la Antigua e presidente da Federação das Escolas Católicas.[1] Em 1983, se naturalizou panamenho.[2]
Em 30 de janeiro de 2024, Dom José foi dado como desaparecido. O cardeal reapareceu dois dias depois, no distrito de Boquete, área cerca de 40 quilômetros da Diocese de David e a 480 quilômetros da Cidade do Panamá. O cardeal dava sinais de desorientação e foi conduzido para receber tratamento médico num hospital de David. Em 4 de fevereiro seguinte, ao presidir a missa dominical, Dom José pediu desculpas aos fiéis pelo ocorrido, afirmando ter sido uma "travessura".[4]
