Sebastian Francis nasceu em Johr Bahru, que então fazia parte da Federação Malaia. Seus avós imigraram para a Malásia na década de 1890 de Ollur, no distrito de Thrissur, Querala.[2] Ele entrou no Seminário Menor São Francisco Xavier em Singapura em 1967 e matriculou-se três anos depois no seminário maior de Penang.[1]
Em 28 de julho de 1977 foi ordenadosacerdote para a Diocese de Melaka-Johor. Em seguida, foi vigário paroquial da paróquia de São Francisco Xavier em Malaca de 1977 a 1980 e vigário paroquial da paróquia da Imaculada Conceição em Jor Baru em 1981. No mesmo ano foi enviado a Roma para estudar. Em 1983 obteve a licenciatura em teologia dogmática na Pontifícia Universidade São Tomás de Aquino. De volta à sua terra natal, foi vigário paroquial da paróquia da Imaculada Conceição em Jor Baru em 1984; professor de teologia dogmática, diretor espiritual do seminário maior de Penang, capelão dos universitários de Penang, administrador paroquial da paróquia da Imaculada Conceição de Paulau Ticus e coordenador pastoral de 1985 a 1988; vigário geral de 1988 a 2001; pároco da catedral do Sagrado Coração de Jor Baru de 1988 a 2004; administrador diocesano de 2002 a 2003; novamente vigário geral desde 2003; pároco da paróquia de São Luís em Kluang de 2004 a 2007; pároco da paróquia da Imaculada Conceição em Paulau Ticus de 2007 a 2011 e pároco da paróquia de Cristo Rei em Kulai desde 2011. Em 1991 ele se formou na Maryknoll School of Theology em Nova York com um diploma em justiça e paz.[1][2]
De 1 de janeiro de 2017 a 2023 foi presidente da Conferência dos Bispos Católicos da Malásia, Singapura e Brunei.[1] Em fevereiro de 2023, foi nomeado presidente do Escritório de Comunicação Social (OSC) da Federação das Conferências Episcopais Asiáticas (FABC).[6]
Foi nomeado Oficial da Ordem do Defensor do Estado (em malaio: Darjah Pangkuan Negeri), única ordem de cavalaria do estado de Penang, em 2016, recebendo o título de Dato' e o direito de ostentar as letras pós-nominais de "DSPN". Foi nomeado Comendador (em malaio: Darjah Gemilang Pangkuan Negeri), com o título de Dato'Seri em 2021, passando a ostentar as letras pós-nominais "DGPN".[7]
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