Autor prac naukowych i popularnonaukowych z zakresu biblistyki, kapłaństwa, dialogu chrześcijan z wyznawcami judaizmu oraz duchowej jedności Europy[4]. Przez naukowców uznawany za jednego z nielicznych chrześcijańskich badaczy, którzy w sposób merytoryczny zajęli się rękopisami z Qumran. Badania te były jednak sporadyczne i znane tylko wąskiemu gronu studentów i naukowców[5]. W 2011 został członkiem honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, a w 2012 członkiem rzeczywistym Instytutu Kaszubskiego[2].
W ramach prac Episkopatu Polski był członkiem Rady Głównej (Stałej), a w latach 1994–1999 wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski[1][3]. W latach 1986–1994 przewodniczył Podkomisji (od 1989 Komisji) ds. Dialogu z Judaizmem[13], w latach 1994–2002 Komisji ds. Nauki Katolickiej, w latach 1996–2000 Krajowemu Komitetowi Organizacji Wielkiego Jubileuszu Roku 2000[3], a w latach 2010–2012 Zespołowi ds. Rozmów z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym[2]. Ponadto od 1994 do 1999 był wiceprzewodniczącym Rady Naukowej, a także członkiem Komisji Duszpasterstwa Ogólnego. W latach 1994–2005 pełnił funkcję współprzewodniczącego Zespołu ds. Kontaktów Episkopatów Polski i Niemiec, a w latach 1999–2005 delegata ds. kontaktów z Komisją Episkopatów Wspólnoty Europejskiej[3].
Działał na rzecz dialogu chrześcijańsko-żydowskiego oraz polsko-żydowskiego. Występował przeciwko przejawom antysemityzmu i antypolonizmu. Zapoczątkował i popierał prowadzenie wykładów i badań z dziedziny judaizmu na polskich uczelniach katolickich[13]. Przyczynił się do otwarcia w 1994 Instytutu Dialogu Katolicko-Żydowskiego na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie[4], był także członkiem Komitetu Budowy Muzeum Historii Żydów Polskich[15]. Popierał proces porozumienia polsko-niemieckiego – w 1995 wraz z biskupem Walterem Kasperem zredagował list Episkopatów Niemiec i Polski na temat dialogu, pojednania i wspólnego świadectwa chrześcijańskiego w budowie zjednoczonej Europy[13]. Po synodzie biskupów w 1990 brał udział w przygotowaniu adhortacji apostolskiej Pastores dabo vobis[3]. W 2002 był inicjatorem dokumentu Biskupi polscy wobec integracji europejskiej, prezentującego stanowisko Episkopatu Polski wobec procesu integracji Polski z Unią Europejską[13].
W 1992 konsekrował biskupa diecezjalnego włocławskiego Bronisława Dembowskiego, a w 2003 biskupa pomocniczego gnieźnieńskiego Wojciecha Polaka. Ponadto był współkonsekratorem podczas sakr dziewięciu biskupów[16].
Odznaczenia i wyróżnienia
Henryk Muszyński i prezydent Polski Lech Kaczyński (2010)
Nadano mu tytuł honorowego obywatela: Włocławka (1992), Kościerzyny (1998), Mogilna (2002)[3], Gniezna (2007)[23] i Bydgoszczy (2010)[24], a także Gołańczy[3]. Został uhonorowany odznaką Zasłużony dla Miasta, Województwa i Regionu (Bydgoszcz 1998)[3], medalem Zasłużony dla Województwa Wielkopolskiego (2002)[25], Medalem Kazimierza Wielkiego za zasługi dla miasta Bydgoszczy (2004) i Medalem Koronacyjnym za zasługi dla Gniezna (2005)[3].
Ponadto otrzymał: nagrodę naukową im. Leopolda Lucasa, przyznaną przez Fakultet Protestancki Uniwersytetu w Tybindze (1997)[3], Medal im. Bubera-Rosenzweiga, nadany przez Niemiecką Radę Koordynacyjną Towarzystw Współpracy Chrześcijańsko-Żydowskiej (1999)[27], statuetkę Złotego Hipolita i godność Wybitnej Osobistości Pracy Organicznej od Towarzystwa im. Hipolita Cegielskiego w Poznaniu (2004), wyróżnienie Stowarzyszenia Biblistów Polskich „za wybitne zasługi dla biblistyki polskiej” (2007), Złotą Odznakę Honorową Katolickiego Stowarzyszenia Civitas Christiana (2007), nagrodę „Pontifici”Klubu Inteligencji Katolickiej w Warszawie (2007), Order św. Wiktorii, będący wyróżnieniem diecezji łowickiej (2011)[3], nagrodę „Zasłużony dla Tolerancji”, przyznaną przez Fundację Ekumeniczną „Tolerancja” (2013)[28], Nagrodę im. Księdza Stanisława Musiała (za rok 2018)[29], Menorę Dialogu przyznaną przez Stowarzyszenie Coexist i Fundację Signum (2020)[30]. Został także odznaczony komandorią Missio Reconciliationis[31].
.png){kind=logo}