Saul Perlmutter è uno dei tre figli di Daniel D. Perlmutter, di famiglia aschenazita, professore emerito di chimica all'Università di Pennsylvania, e di Felice (Feige) D. Perlmutter (nata Davidson), professoressa emerita alla Temple University's School of Social Administration.[1][2] Suo nonno materno, Samuel Davidson (1903–1989), ha emigrato in Canada (e in seguito con sua moglie Chaika Newman a New York) dalla Bessarabia nel 1919.[3]