Elisabeth Hirsch, une ancienne élève d'Isabelle Cremer lui demande de l'héberger vers la fin de 1942. Elle est envoyée à Paris par l'Œuvre de secours aux enfants (OSE), pour trouver des cachettes pour des enfants Juifs en danger de déportation. Non seulement, Isabelle Cremer accepte d'aider Elisabeth Hirsch personnellement mais elle fournit à son ancienne élève des informations qu'elle a pu recueillir sur des prochaines rafles. Ces informations permettent en particulier au médecinEugène Minkowski, dirigeant de l'OSE à Paris et à Simon Levitte, chef du Mouvement de Jeunesse Sioniste d'échapper aux arrestations.
A Paris, Isabelle Cremer aide Elisabeth Hirsch dans le transfert d'enfants Juifs vers la Zone Sud.
Après la Guerre, Suzanne Bernard, secrétaire à l'EPSS témoigne que durant toute l'Occupation, Isabelle Cremer cache les dossiers des élèves juives, pour leur protection[2].