Nommé aumônier de la flotte en 1915, il sert sur divers navires-hôpitaux et participe à la bataille des Dardanelles.
Après la guerre, dont il sort décoré, il est nommé rabbin de Besançon, puis, en 1937, de Nice[5].
Il devient Grand-rabbin de Nice en 1941, succédant au Grand-rabbinSamuel Schumacher. Selon Jean-Louis Panicacci, 1983: "Le Grand Rabbin Samuel Schumacher, malade, fut remplacé après la défaite par Josué Pruner"[6],[7]. Il a dû subir de nombreuses pressions et attaques antisémites de militants du PPF de Jacques Doriot et de la Légion de Joseph Darnand (la synagogue a été occupée une nuit)[8]. Quand la ville est occupée par les Allemands, après la capitulation italienne, des rafles commencent à Nice, à domicile ou dans les rues. Pruner est une fois enfermé dans la synagogue, mais parvient à s'échapper.
Prisonnier sur parole, à Nice, depuis le , il aurait pu s'enfuir, mais, malgré la fermeture de la synagogue par les Allemands, il reste et continue sa tâche comme il le peut[9]. Il est arrêté, avec son épouse Alice[10], dans la nuit du 3 au , à une heure du matin (lendemain de Roch Hachana, le Nouvel An juif)[11],[12], à son adresse 10, rue Foncet, à Nice. Ils sont envoyés à Drancy le jour de Kippour, puis sont déportés depuis la gare de Bobigny vers Auschwitz par le convoi n° 62 du 20 novembre 1943. Ils sont tués à Auschwitz, pratiquement dès leur arrivée, le .
Paul Lévy. Hommes de Dieu dans la tourmente. L'histoire des rabbins déportés. Safed publications: Saint-Mandé (Val-de-Marne), 2006. (ISBN2-914585-49-7)
↑Guido Scialtiel, "José Pruner" in Mémorial, en souvenir de nos rabbins et ministres officiants victimes de la barbarie nazie. (Ed. Consistoire central)